Illustratorの透明機能を使用しても問題ないですか？

使用自体は問題ありません。
ただし、印刷データに正しく反映されないことがございます。
 

透明機能をご利用される際は、お客様自身で必ず印刷データの最終確認を行ってください。
（オペレーターチェック入稿の場合は、【PDF確認あり】を選択してください。）